泌尿外科
泌尿外科是云南结石病医院的品牌龙头科室，该科严格按照世界卫生组织（WHO）标准组建，不但是云南省最具影响力的泌尿结石诊疗基地之一， 还是西南结石病研究院在云南省的首家技术培训基地。
目前科室拥有一支高素质的专业队伍，由西南奥林巴斯纤维软性肾镜使用记录保持者、云南结石病医院泌尿一科主任黄丽娟博士领衔，特别引进了昆明地区首台组合式输尿管软镜、高功率钬激光手术系统及EMS超声碎石系统等 领先设备。
科室以《泌尿外科诊治指南》为核心，以《临床流程》为规范， 对肾结石、输尿管结石、膀胱结石、尿道结石、肾囊肿等泌尿外科疾病进行规范诊治， 主要开展各类泌尿外科微创手术，包括纤维软性肾镜碎石碎石术、微创经皮肾镜碎石碎石术、输尿管镜下碎石术、 膀胱镜下碎石术等各类保肾碎石手术，无论从开展时间、技术娴熟程度及诊治病例例数方面，在云南地区均处于领先地位， 为广大患者的肾脏健康保驾护航！
肝胆外科
肝胆外科作为云南结石病医院的重点临床科室，是集医疗、教学、科研为一体的临床专科。科室技术力量雄厚， 医生诊治经验丰富，科研成绩显著，学术气氛浓厚，专门致力于肝胆系统疾病，包括胆囊结石、胆囊息肉、胆总管结石、肝内外胆管结石等疾病的诊疗与研究。
科室秉承国际领先的“保胆取石”理念，精于经脐隐瘢痕保胆取石术、三镜联合微创保胆取石术、电子腹腔镜下胆囊切除术、 微创胆道手术等高精尖诊疗技术的开展，其中“三镜联合微创保胆取石（息肉）术”填补了云南地区的空白， 年手术量高达6000余台。在省内具有重要影响力和学术地位、人员精干、结构合理的学科。
